Terá de proceder ao seguinte:

Configurações > Acessos > Colocar esse funcionário do lado esquerdo da janela, selecionar terminal e Atualizar terminal ou Atualizar todos.

Principal > Funcionários > duplo clique no funcionário em questão, separador Plano de Trabalho, colocar o visto em Inativo e Confirmar.

Nota: O funcionário ficará apenas Inativo, caso o pretenda elimiar em definitivo, após este ficar como iniativo, voltar a dar duplo clique e clicar no icone Apagar Registo.